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蘇我馬子が飛鳥に建立した日本最古の寺院である法興寺（飛鳥寺）を平城京に移したもので、元興寺の名前も仏教の「元を興す」から来ています。
奈良時代、平城宮の南東に位置するこの辺りは、平城（なら）の飛鳥と呼ばれ、飛鳥（明日香村）から移住した人たちが多く住んでいたと思われます。現在でも地名や学校名などに「飛鳥」の名が残っています。
かつては、奈良町全体の広大なエリアが元興寺の敷地でしたが、平安時代の中頃から衰退し、1451年の土一揆で、金堂や小塔院などが焼失しました。場所的に藤原氏ゆかりの興福寺の南大門に隣接していたことから、焼け跡に商店家屋などが建ち、興福寺の門前町として栄えました。
その後1859年には五重塔と観音堂が焼けて、現在残っているのは、極楽坊の本堂と禅室などだけです。それでも屋根の一部に飛鳥法興寺から移された飛鳥時代の古い瓦が残っていることで往時をしのぶことができます。
なお、奈良町の中には、元興寺のもとの東塔跡（元興寺塔跡）や小塔院跡などが別のお寺の形で点在しています。
また、現在の奈良町物語館・菊岡漢方薬局・奈良町資料館の辺りに金堂があったと言われ、現在でも床下に礎石が残っています。
諸説ありますが、西日本各地に残る鬼の異名「がごぜ」「がんご」などは、元興寺に出没した鬼の伝説に由来すると言われています。
「古都奈良の文化財」の一部として、世界遺産にも登録されています。