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水の配分を司る天之水分（あめのみくまり）大神を主祭神とし、葛城水分神社・都祁水分神社・宇太水分神社とともに大和国四所水分社の一つとして古くから信仰されてきました。「みくまり」は「みこもり（御子守）」がなまったもので、子守さん、子守明神とも呼ばれています。式内社で、旧社格は村社です。
創建は不詳ですが、現存の社殿は慶長9年(1604)に豊臣秀頼が再建したもので、桃山時代の特色を伝える重要文化財の本殿、拝殿、弊殿、楼門、回廊から構成されています。また、非公開ですが、国宝の木造玉依姫命坐像は、鎌倉時代の作です。
春のシダレザクラ、初夏にスズランでも知られ、シダレザクラは、中千本周辺の社寺のものよりも時期が遅く、上千本のヤマザクラとほぼ同時期が見頃です。 2004年に、世界遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」の一部として登録されています。