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正確な由緒は不明ですが、聖徳太子の弟、麻呂子親王が河内に創建し、この地の豪族当麻氏が氏寺として移築したと伝えられています。
宗派は大変珍しく、高野山真言宗と浄土宗が並立する形になっています。
また、創建時の本尊は弥勒仏（金堂）で、東西に塔が並ぶ薬師寺などに見られるような一般的な伽藍配置でしたが、その後、当麻曼荼羅（本堂）が信仰の中心になったことで、入口が南大門から東大門に変更されました。そのため、参道から東大門に入ると左手に二つの三重塔が並ぶ珍しい伽藍配置になっています。（2基の塔が創建当時のまま現存しているのは当麻寺だけです。）
当麻曼荼羅は、藤原鎌足の曾孫である中将姫が蓮の糸を用い、一夜で織り上げたという伝説が残っています。当麻寺が大和国の西方に位置する二上山の麓にあるため、極楽浄土に近い場所と考えられ、中将姫伝説とともに曼荼羅信仰の寺として知られるようになったと考えられます。
また、交通アクセスがあまり良くないことが幸いし、周辺の自然が良く保存されています。二上山をバックにした紅葉、特に西南院の枝垂れもみじ、ほかに桜（シダレザクラ）やボタンも有名です。
境内に入るのは無料ですが、庭園ごとに入園（拝観）料が必要になるので注意が必要です。