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大乗院は寛治元年（1087年）に創建され、平安時代から江戸時代に栄えた門跡寺院のひとつでした。創建当初は一乗院と共に現在の奈良県庁あたりにありましたが、治承4年（1180年）の南都焼き討ちで大乗院は禅定院（元興寺の門跡寺院）が存在する現在地に移り、江戸時代末まで続きました。
その間、室町時代の徳政一揆により灰燼に帰し、その復興時に、銀閣寺庭園を手掛けた作庭の名手“善阿弥”が関わった貴重な作庭遺構とされています。庭園の構成は平安時代から鎌倉時代に見られる浄土式庭園とも言われ、明治初頭まで南都随一の名園と称えられていました。
一時、奈良ホテルのテニスコートやパターゴルフ場が設置されたこともありましたが、その後整備され、昭和33年（1958年）国の名勝に指定されました。現在も敷地内の一部が奈良ホテルとなっています。
1973年には公益財団法人日本ナショナルトラストが管理団体となり、修復整備が行われました。1995年からは奈良文化財研究所による発掘調査と並行して、江戸時代末期の門跡・隆温が描いた「大乗院四季真景図」をもとに復元工事が進められました。平城遷都1300年記念事業にあわせて2010年から一般公開を開始しています。
庭園の南側にある文化館は、市民・観光客が名勝旧大乗院庭園や大乗院の資料展示を見ながら気軽に休憩し、また展示室、茶室、和室、会議室などを利用（有償）できる施設です。入口の塀は、楽人長屋の土塀のデザインを取り入れています。