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日本で一番古い本格的な仏教寺院で、古墳時代から飛鳥時代に繁栄を極めた蘇我氏の氏寺です。初めて仏教を興した寺と言う意味の「法興寺」「元興寺」とも呼ばれています。奈良市の奈良町に一部が残る元興寺（がんごうじ）は、平城遷都の際にこのお寺を移したものです。奈良町の元興寺に対して、飛鳥寺を「本（もと）元興寺」と呼ぶこともあります。
開基（596年）は蘇我馬子（そがのうまこ）で、蘇我氏は、大陸からの渡来者たちを支配下に置くことで、仏教とともに伝来した最新の文化や技術を駆使して台頭したのだそうです。
今はひっそりと佇む古刹ですが、もともとは、五重塔を中心に3つの金堂が東西と北に並び、その周りを回廊が取り囲む壮大な伽藍だったのだそうです。現存する本堂は、江戸末期の再建です。ご本尊の釈迦如来像は、飛鳥大仏として親しまれ、大きさは東大寺や鎌倉の大仏のように大きいわけではありませんが、日本で一番古い仏像と言われています。お顔立ちもよく見る仏像とはかなり違っていて、アーモンド形の目、面長のお顔など、エキゾチックな雰囲気が漂います。損傷個所が多く、後世に補修されている為か国宝にはなっていません（重要文化財）が、最近の研究ではその大部分が当初のものであるという説もあります。
また、西門を出て少し行ったところに「乙巳（いっし）の変」（大化の改新）で殺害された蘇我入鹿の首が飛鳥板蓋宮から600ｍ離れたこの場所まで飛んできたと言う伝説が残る「入鹿の首塚」があります。